Obszar administracyjny gminy Krzyżanowice leży w większości w dolinie Odry, zachodnia część gminy to krańce Płaskowyżu Głubczyckiego, a południowa część, obejmująca Chałupki, Zabełków i Rudyszwałd, rozciąga się na przedpolu Bramy Morawskiej i stanowi Kotlinę Ostrawską.
Ukształtowanie obszaru gminy związane jest z genezą kotliny Odry i Płaskowyżu Głubczyckiego. Około 50% terenu gminy położone jest na wysokości 180-200 m n.p.m., 30% wznosi się do wysokości 220 m n.p.m. i tylko pozostałe 20% powyżej 220 m n.p.m. Tereny najwyżej wzniesione położone są w okolicy Owsiszcz i Bolesławia, w tym najwyższy punkt - wzniesienie 247 m n.p.m. odległe około 0,5 km od Owsiszcz.
W budowie geologicznej udział biorą głównie osady polodowcowe, będące pozostałością po zlodowaceniu plejstoceńskim: gliny, piaski, żwiry, utwory lessowate i głazy narzutowe. Pokrywa glebowa gminy jest dość zróżnicowana pod względem genetycznym. Tereny powyżej doliny Odry i Psiny pokryte są zwartym płaszczem gleb bielicowych, wytworzonych z utworów lessowych na czwartorzędowym lessie lub na piaskach gliniastych. Dolina Odry i Psiny posiada muły rzeczne - mady, wśród których wyróżnić można mady lekkie, średnie i ciężkie. Gleby na lessach charakteryzują się dużą urodzajnością i nadają się pod uprawę wszystkich roślin użytkowych.
Gmina Krzyżanowice charakteryzuje się łagodnym klimatem umiarkowanym, kształtowanym przez prądy powietrzne związane z bliskim sąsiedztwem Bramy Morawskiej. Taki właśnie typ klimatu jest optymalny dla produkcji rolnej. Okres wegetacyjny jest tutaj stosunkowo długi i wynosi 265 dni.Główną arterię wodną gminy stanowi rzeka Odra wraz z jej dopływami - rzeką Psiną i potokiem Bełk. Na terenie gminy, Odra jest uregulowana. Charakteryzuje się bardzo szeroką doliną, w której występują liczne meandry i starorzecza. W dolinie Odry wyróżnić można kilka teras rzecznych, zbudowanych z iłów, żwirów, piasków i glin, stąd też zlokalizowane tutaj zostały punkty eksploatacji kruszywa.
Pod względem ilości lasów gmina Krzyżanowice należy do najsłabiej zalesionych regionów w powiecie raciborskim. Niewielkie skupiska leśne występują w okolicy Tworkowa, w dolinie Odry oraz na północ od Owsiszcz. Gmina może się natomiast poszczycić dobrze zachowanymi pomnikami przyrody, występującymi na terenie różnych sołectw, głównie w parkach wokół dawnych dworów i pałaców.